Rozdzielczość fenotypów choroby wynikająca z Multilocus Genomic Variation ad

S1 w dodatkowym dodatku, dostępny wraz z pełnym tekstem tego artykułu) .1-8 Wiele (lub podwójna) diagnoza molekularna obejmuje więcej niż jedną diagnozę kliniczną i więcej niż jedno locus genetyczne (ryc. 1), z których każda dokonuje oddzielnej segregacji. Diagnostyczne sekwencjonowanie całego egzema daje możliwości dostarczenia wglądu w związki między zmiennością genomową multilocus a chorobą. W kilku badaniach serii pacjentów odnotowano występowanie wielu diagnoz molekularnych w pojedynczym genomie w 3,2 do 7,2% przypadków, w których przeprowadzono diagnostykę molekularną, ale dane na temat tego zjawiska z serii dużych przypadków i związanych z nimi konsekwencji klinicznych nie ma (Tabela 9-13 Tutaj opisujemy dużą skalę analizy klinicznej z udziałem pacjentów z wieloma diagnozami molekularnymi i analizą ich fenotypów przy użyciu ustrukturyzowanej ontologii fenotypowej.
Metody
Populacja pacjentów
Przeprowadziliśmy retrospektywną analizę obejmującą 7374 niespokrewnionych pacjentów, którzy zostali skierowani do naszego laboratorium diagnostycznego do analizy sekwencji całego e-genu opartej wyłącznie na próbach lub trio w okresie od października 2011 r. Do kwietnia 2016 r. Nie uwzględniono sekwencjonowania całego egzaminu do analizy exem raka. Nasze laboratorium posiada certyfikat Kolegium Amerykańskich Patologów i jest zgodne z Poprawkami do Laboratorium Klinicznego. Zgłaszanie deidentyfikowanych danych demograficznych i molekularnych zostało zatwierdzone przez instytucjonalną komisję odwoławczą w Baylor College of Medicine. Spośród 101 pacjentów, którzy otrzymali dwie lub więcej diagnoz genetycznych, zgłoszono 26 przypadków .9,10,12
Sekwencjonowanie całego egzamu
Budowę biblioteki, wychwytywanie exome, sekwencjonowanie następnej generacji i przetwarzanie danych przeprowadzono w sposób opisany uprzednio .9,14,15 Sekwencjonowanie całego egzomu obejmowało kodowanie macierzy polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (cSNP) do kontroli jakości. Sekwencjonowanie genomu mitochondrialnego przeprowadzono dla podzbioru kolejnych przypadków (4263 z 7374 [57,8%], od października 2012 r. Do grudnia 2014 r.). Warianty opisane w tabeli S5 w dodatkowym dodatku, które nie zostały wcześniej zgłoszone, zostały przesłane do bazy danych NCV National Center for Biotechnology Information pod numerami dostępu SCV000328705 do SCV000328861.
Analizy statystyczne
Zastosowano model Poissona i alternatywny model niezależnie występujących diagnoz wielokrotnych w celu przeanalizowania proporcji pacjentów z jedną do czterech diagnoz molekularnych w tej kohorcie. Modelowanie to przeprowadzono z wykorzystaniem danych empirycznych z obserwowanej liczby diagnoz molekularnych w kohorcie badania, która reprezentuje populację referencyjną, a nie przede wszystkim zdrową populację ogólną. Obserwowany odsetek pacjentów z co najmniej jedną diagnozą molekularną wyniósł 28,2% (2076 z 7374), co dało w sumie 2182 niezależnych diagnoz molekularnych w 7374 przypadkach; dało to średnią 0,2959 diagnoz na pacjenta, a ta wartość została użyta jako parametr szybkości Poissona (sekcja S1 w dodatkowym dodatku). W przypadku alternatywnego modelu niezależności wykorzystano częstość diagnozy pojedynczej, a moc tej stopy została wykorzystana do określenia oczekiwanych proporcji dwóch, trzech i czterech diagnoz molekularnych
[hasła pokrewne: neurolog badania do pracy, indakaterol, poradnia psychologiczna płock ]

Powiązane tematy z artykułem: indakaterol neurolog badania do pracy poradnia psychologiczna płock